يمكن استخدام ثيوكبريتات الصوديوم كعامل إزالة الكلور ومبيدات للبكتيريا لمياه الشرب ومياه الصرف الصحي في معالجة المياه. وبسبب انخفاض سعرها، وارتفاع كفاءتها، والخصائص الخالية من التلوث في تحسين نوعية المياه، فقد تم استخدامها على نطاق واسع في صناعة تربية الأحياء المائية.